Первое сообщение об использовании магнитов в медицинской практике относится к 2000 г. до н.э. (Древний Китай), другие упоминания о целебных свойствах магнитов также встречаются в древних культурах Индии, Египта и Греции.
Впервые широко применять магнитотерапию в лечении заболеваний стал швейцарский врач и философ Парацельс, который использовал магниты для лечения эпилепсии, диареи и кровотечений. Найти данные об эффективности такого лечения авторам не удалось, однако известно, что в следующем, XVIII веке это направление становится все более популярным. Так, в середине века, на всю Европу «гремел» парижский «магнитный салон исцеления» Франца Месмера, австрийского врача, основоположника в области гипноза. В те годы магниты стали не только терапевтическим средством, но и «орудием» шарлатанов, приписывавших им всевозможные «чудесные» свойства, что не могло не вызвать ответной реакции со стороны медицинского сообщества.
В начале XIX века магнитотерапия стала объектом ряда громких фальсификаций, что надолго оттолкнуло врачей и ученых от исследований в данной области, однако с развитием физиологии, биофизики и других медицинских наук применение магнитов во врачебной практике получило дальнейшее развитие.
На настоящий момент рассматриваемое в данном разделе воздействие официально признано в Российской Федерации физиотерапевтическим методом, однако недостаточные знания в области восприятия магнитных полей организмом оставляют многие вопросы по данному методу открытыми.
В последние годы постоянные магниты стали применяться не только в РФ, но и в Японии, Юго-Восточной Азии. В Германии получила широкое распространение магнитно-импульсная терапия. Несмотря на исследования с подтвержденным клиническим эффектом, в США магнитотерапия официальной медициной не признается.